Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen (Ditjen Bimas Kristen) Kementerian Agama Republik Indonesia sebagai lembaga negara berkewajiban untuk dapat mewujudkan peran dan fungsinya secara maksimal, khususnya di bidang pendidikan tinggi keagamaan Kristen. Melihat kebutuhan peningkatan layanan standard nasional pendidikan keagamaan Kristen di Indonesia, maka Ditjen Bimas Kristen penanggung jawab perguruan-perguruan tinggi keagamaan Kristen tersebut menggagas pertemuan-pertemuan yang bertujuan untuk meningkatkan layanan standar nasional pendidikan keagamaan Kristen. Dimulai dari rapat-rapat persiapan sejak November 2017, kemudian dilanjutkan dengan Sarasehan Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen pada 22-23 Februari 2018, maka pada 27-29 Februari 2019 diselenggarakan Kongres Nasional Badan Majelis Pendidikan Tinggi Keagamaan Kristen Indonesia (BMPTKKI). Dalam kongres ini diputuskan secara demokratis nama lembaga tersebut.
BMPTKKI merupakan mitra Ditjen Bimas Kristen dan hadir sebagai wujud tanggung jawab perguruan-perguruan tinggi keagamaan Kristen yang merupakan bagian dari bangsa Indonesia dan pelayan Kristus. BMPTKKI, dari dimensi berbangsa dan bernegara, adalah badan musyawarah perguruan-perguruan tinggi keagamaan Kristen untuk merealisasikan usaha membangun bangsa dan negara yang cerdas, berbudi luhur, serta bermartabat. BMPTKKI didirikan berdasarkan Pancasila dan Undang-undang 1945 serta mengacu pada tridharma perguruan tinggi. Sebagaimana diamanatkan di dalam pembukaan dan Pasal 31 UUD Negara Kesatuan Republik Indonesia Tahun 1945, bahwa sesungguhnya tugas mendidik dan meningkatkan kecerdasan bangsa adalah tanggung jawab bersama antara pemerintah, lembaga pelayanan pendidikan, dan masyarakat.
BMPTKKI, dari dimensi pelayan Kristus, adalah wadah persekutuan perguruan-perguruan tinggi keagamaan Kristen guna meningkatkan kualitas perguruan tinggi keagamaan Kristen, sehingga dapat melahirkan civitas akademika yang berdampak pada pengamalan amanat agung Tuhan Yesus Kristus dalam arus globalisasi, generasi millenial dan era revolusi industri yang terus berkembang. Dalam musyawarah semua anggotanya, BMPTKKI dapat mewakili komunitas akademisi perguruan tinggi keagamaan Kristen dari semua denominasi gereja untuk kepentingan masa depan pendidikan keagamaan secara khusus, gereja dan pendidikan secara umum di lingkungan Kristen. Akhirnya, BMPTKKI turut mewujudkan damai sejahtera bagi seluruh masyarakat Indonesia dalam bingkai Negara Kesatuan Republik Indonesia.